Հայաստանում ֆրանսիական համալսարանը (ՀՖՀՀ) հիմնադրվել է 2000թ.-ին` համաձայն 1995 թ.-ին Հայաստանի և Ֆրանսիայի կառավարությունների միջև ստորագրված մշակութային, գիտական և տեխնիկական համագործակցության համաձայնագրի։ Հիմնադիրները` ՀՀ կրթության և գիտության և արտաքին գործերի նախարարությունները, Ֆրանսիայի արտաքին գործերի և միջազգային զարգացման նախարարությունը և Հայաստանում ֆրանսիայի դեսպանատունն այսպիսով կարևորեցին հայ երիտասարդների կրթությունն` ի շահ Հայաստանի և ֆրանս-հայկական հարաբերությունների:
Տնօրինության կազմը` ռեկտոր, արտաքին հարաբերությունների և որակի գծով պրոռեկտոր, վարչաֆինանսական տնօրեն, ուսումնական գծով տնօրեն: Ըստ Հայաստանում ֆրանսիական համալսարանի կանոնադրության` ռեկտորը ֆրանսիացի պետք է լինի:
Համալսարանի մանկավարժական և վարչական կառավարումն իրականացվում է հայ-ֆրանսիական աշխատակազմի կողմից՝ ֆրանսիացի ռեկտոր, պրոֆեսոր Բերտրան Վենարի գլխավորությամբ: Ուսումնական մասը ղեկավարում է Զարուհի Սողոմոնյանը:
ՀՖՀՀ-ի ակադեմիական գործընկերները Ժան Մուլեն Լիոն 3 և Թուլուզ 3 Պոլ Սաբատիե համալսարաններն են, որոնց հետ համագործակցության շնորհիվ ՀՖՀՀ-ն շնորհում է երկու՝ հայկական և ֆրանսիական պետական դիպլոմներ:
